Os Pinguins do Papai conta a história do Tom Popper (Jim Carrey) um executivo que quer se tornar sócio da empresa aonde trabalha como corretor, e para isso recebe o desafio de comprar o restaurante da sra. Van Gundy. Porem ela impõe que só ira vender para quem tiver princípios, algo que está um pouco perdido nele. Ao mesmo tempo, o sr. Popper recebe a notícia que o seu Pai faleceu, e recebe em sua casa a herança deixada por ele. Na caixa tem um pinguim, e logo depois chega mais uma contendo mais 5 deles. E apesar dele querer se livrar dos bichinhos, os pinguins acabam ajudando ele a se ...